作为藤原道长与左大臣源雅信之女伦子的长子出生。道长还有另一位妻子源明子及其子女，但被视为正室的伦子所生的赖通和弟弟教通在升迁上格外受到优待。姐姐彰子后来成为一条天皇的中宫。
由内大臣藤原公季为他加冠举行元服礼，取名赖通，叙正五位下。三年后升为从三位，跻身公卿之列。在父亲道长的支持下，他年纪轻轻便以异常的速度一路升迁。
赖通已娶具平亲王之女隆姬为妻，三条天皇却提出要把皇女禔子内亲王嫁给他。道长十分高兴，但据《荣花物语》记载，深爱隆姬的赖通为这门亲事忧愁，后来身患重病，此事便不了了之。
他从外甥后一条天皇的外祖父、父亲道长手中接过摄政之位和藤原氏的氏长者。当时他才二十多岁，年轻得异乎寻常。道长次年辞去太政大臣，但仍以前摄政身份在背后扶持赖通，重大事务赖通也要请示父亲。
他由摄政转任关白。同年，被称为刀伊的女真海盗袭击对马、壹岐和北九州，发生刀伊入寇，大宰府的藤原隆家等人将其击退。赖通拜精通有职故实的藤原实资为师，对道长持批评态度的实资对赖通却怀有好感。
父亲道长去世。次年关东爆发平忠常之乱，用了三年才平定，房总一带荒废不堪。平乱的源赖信一族借此在关东扩张势力，这成为武士登上政治舞台的契机之一。
后一条天皇去世，其弟后朱雀天皇即位后，赖通仍以天皇舅父的身份继续担任关白。但他没有亲生女儿，便借妻子隆姬的关系收敦康亲王之女嫄子为养女，立为天皇的皇后。嫄子生下一位皇女，不久便去世了。
病倒的后朱雀天皇希望立母系不出自藤原氏的尊仁亲王为下一任东宫。赖通以为时尚早为由反对，但异母弟能信极力劝说天皇，尊仁终被立为皇太子。据传赖通此后也不肯协助尊仁。
他让独生女宽子入宫侍奉后冷泉天皇，后来立为皇后。他希望生下皇子，使藤原氏的外戚地位得以延续，但愿望未能实现。次年陆奥爆发前九年之役，地方局势日益不稳。
他把父亲道长在宇治的别墅改为寺院，称平等院。当时人们相信这一年是佛法衰微的末法之世的开始，祈求往生极乐净土的净土信仰正在流行。次年，供奉阿弥陀如来的阿弥陀堂，即今天的平等院凤凰堂建成。
他被任命为太政大臣，登上贵族的最高地位，并仿效父亲之例于次年辞去。赖通喜爱和歌，亲自举办歌合，致力于编纂歌集，在文化上也引领着宫廷。敕撰和歌集中收录了他的十四首和歌。
他辞去了担任约五十年的关白之职，获准三宫待遇。他想让儿子师实继任，但据传姐姐彰子以道长的遗言为由拒绝，关白由弟弟教通继任。据传教通没有按约定让位给师实，赖通对此深为怨恨。
后冷泉天皇去世，长期受赖通冷落的尊仁亲王即位为后三条天皇。赖通退居宇治。新天皇次年颁布延久庄园整理令，藤原氏的庄园也成为审查对象，但据说平等院的领地未能触动。
两年前已出家的赖通在宇治走完了一生。同年姐姐彰子也去世，弟弟教通次年离世。支撑摄关政治全盛期的人物相继离去，不久便进入了白河上皇的院政时代。
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