生于熊本县玉名郡春富村（今和水町），是八个兄弟姐妹中的第七个。据传“四三”这个名字，是因为他出生时父亲43岁而取的。据传他幼时体弱，经常发烧。当时还没有人想到，他后来会成为开创日本马拉松的人物。
这一时期，他每天跑步去单程约六公里远的高等小学。往返都跑使他的身体逐渐强壮起来，据传他后来说“跑步上学锻炼了双腿”。他边跑边摸索出的呼吸方法，后来在马拉松中也派上了用场。
他考入东京高等师范学校（今筑波大学）。校长是柔道的创始人、致力于日本参加奥运会的嘉纳治五郎。在学校的长跑比赛中取得好成绩的四三，逐渐体会到跑步的乐趣。
选拔奥运会选手的预选赛在东京羽田举行，四三在马拉松比赛中以2小时32分45秒的成绩夺冠，大大超过了当时的世界纪录（也有人说距离并不准确）。凭借这一成绩，他被选为日本代表。
他与短跑选手三岛弥彦一起参加了日本首次参加的斯德哥尔摩奥运会。但由于长途乘船和火车旅行的疲劳以及往年少有的炎热，他在比赛途中失去意识倒下，在附近的人家接受了照料。他退赛的消息没有传达，被当作“失踪”处理。
他以失败为动力刻苦训练，同时致力于改良跑步用具。他与东京足袋店播磨屋的黑坂辛作商量，设计出鞋底厚实耐用的足袋。后来又诞生了装有橡胶底的“金栗足袋”，被许多跑者使用。
他为了在下一届柏林奥运会上雪耻而坚持训练、不断提高成绩，但由于第一次世界大战，奥运会被取消。在实力最充沛的时期失去了比赛的舞台，这对四三来说是巨大的悲伤。
从京都三条大桥到东京上野、沿东海道由队友接力竞跑的日本首次驿传比赛举行，四三作为关东队的最后一棒参赛。这种传递布带跑完漫长路程的比赛，后来在全日本推广开来。
他希望培养能在世界上一争高下的长跑选手，与同伴策划了往返东京与箱根的大学驿传比赛，第一届比赛得以举行。这就是延续至今的箱根驿传的开端。这一年他还参加了安特卫普奥运会的马拉松，以第十六名完赛。
他参加了巴黎奥运会的马拉松，但中途退出了比赛。作为运动员的挑战到此结束，此后他当教师教孩子们体育，并致力于普及女子体育和指导马拉松运动。
他应邀参加斯德哥尔摩奥运会五十五周年纪念活动，在体育场慢慢跑完并冲过终点线。成绩被宣布为“54年8个月6天5小时32分20秒3”。据传四三说：“这是一段漫长的路程，其间我有了五个孙子。”
他在故乡熊本县去世，享年92岁。四三把在奥运会上的遗憾转化为普及驿传和马拉松、培养后辈的动力，被称为“日本马拉松之父”。至今箱根驿传的最优秀选手仍会获颁“金栗四三杯”。
中山晋平菊池宽贺川丰彦岸田刘生芥川龙之介市川房枝伊藤野枝宫泽贤治
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