据说生于与近江雨森村（今滋贺县长滨市）有渊源的医生之家，也有生于京都之说。少年时为继承父业学习医学，后来走上了儒学之路。
这时期他来到江户，投入儒学者木下顺庵门下。同门有新井白石、室鸠巢等人，后来被并称为“木门五先生”等。芳洲与优秀的同窗相互切磋，磨炼学问。
经老师顺庵推荐，他到负责与朝鲜外交和贸易的对马藩任职。对马藩承担着在江户幕府与朝鲜王朝之间斡旋的职责，需要有学问的人才。芳洲毕生的事业由此开始。
这时期他前往长崎学习汉语口语，认为外交不仅要读书，还必须能直接用对方语言交谈。据传他后来能自如运用汉语和朝鲜语。
他渡海到对马，被任命为负责对朝鲜外交的朝鲜方佐役。他参与制作国书与外交文书、协调礼仪等工作，在实务中领会到了解彼此习俗和思维方式差异的重要性。
他在朝鲜釜山的日本人居留地倭馆停留，正式学习朝鲜语。据说后来还参与编写朝鲜语入门书《交邻须知》。学习对方语言的态度在当时十分罕见。
他随行朝鲜通信使前往江户。此时同门新井白石推动礼仪改革，如将将军称号改为“日本国王”，芳洲表示反对并与之激烈争论。这一事件显示了昔日同窗之间的观点分歧。
他还随行了祝贺第八代将军吉宗就任的朝鲜通信使。使节成员申维翰在旅行记录《海游录》中记下了芳洲。芳洲在语言与礼节上的尽心尽力，也给朝鲜方面留下了深刻印象。
他推动在对马设立培养朝鲜语翻译的学校，向年轻人传授语言。他认为翻译不仅要懂语言，还必须了解对方国家的历史与习俗，因此倾力培养人才。
他撰写了总结对朝外交心得的《交邻提醒》，主张彼此不欺骗、不争斗，以真心相交的“诚信之交”最为重要。这一思想至今仍常在谈论日韩交流时被提及。
晚年他在对马潜心学问与和歌，据传高龄时立志要咏和歌一万首。他在对马去世。芳洲一生践行以语言和真心面对邻国，被评价为江户时代的国际人。
大石内藏助（良雄）市川团十郎（初代）德川家宣荻生徂徕大冈忠相德川吉宗石田梅岩贺茂真渊
内容基于教科书和传记中可以确认的史实，不确定之处会注明。