Il naquit dans la province de Mikawa, second fils de Honda Toshimasa. Les Honda servaient les Matsudaira depuis des générations, et Masanobu servit dès sa jeunesse Matsudaira Motoyasu, futur Tokugawa Ieyasu. De cinq ans son aîné, il vit de près les années difficiles de son seigneur, en guerrier de Mikawa.
Quand Imagawa Yoshimoto envahit l'Owari, Masanobu suivit Ieyasu, alors du côté Imagawa, dans l'attaque du fort de Marune. Il y aurait été blessé au genou et aurait boité depuis. Yoshimoto tué, Ieyasu rompit avec les Imagawa et devint indépendant en Mikawa.
Quand les fidèles de la secte Ikko de Mikawa se soulevèrent contre Ieyasu, Masanobu, croyant fervent, rejoignit les insurgés avec son frère Masashige et combattit son seigneur. Entre foi et loyauté, il choisit la foi. L'année suivante, Ieyasu écrasa le soulèvement.
Après l'écrasement du soulèvement, il quitta Mikawa et serait passé par Kyoto pour gagner le Kaga, où il aurait combattu Oda Nobunaga aux côtés des insurgés Ikko. Selon un autre récit, il servit Matsunaga Hisahide de Yamato, qui aurait loué ses talents, mais rien n'est sûr.
Grâce à l'intercession d'Okubo Tadayo, il fut autorisé à revenir auprès d'Ieyasu. La date de ce retour varie selon les sources, mais il avait au plus tard regagné sa confiance à cette époque. Après l'incident du Honnoji, quand Ieyasu prit Kai et Shinano, Masanobu les administra comme magistrat.
Quand Ieyasu se soumit à Toyotomi Hideyoshi, ses principaux vassaux reçurent des rangs de cour sur recommandation de Hideyoshi, et Masanobu fut nommé gouverneur de Sado au cinquième rang inférieur. Celui qui avait jadis pris les armes contre son seigneur était désormais reconnu publiquement comme grand vassal.
Après la campagne d'Odawara, quand Ieyasu s'installa dans le Kanto, Masanobu reçut un fief de 10 000 koku à Tamanawa, en Sagami, et devint daimyo. Il participa aussi à l'aménagement de la nouvelle base, supervisant par exemple les travaux d'Edo en l'absence d'Ieyasu.
Lors de la campagne de Sekigahara, il rejoignit l'armée de Hidetada, fils d'Ieyasu. Il aurait conseillé à Hidetada d'abandonner l'attaque du château d'Ueda en Shinano, sans être écouté. Certaines recherches estiment toutefois qu'il regagna Edo en chemin pour défendre le Kanto.
Au Honganji, les frères Kyonyo et Junnyo s'opposaient. Masanobu aurait conseillé à Ieyasu d'en profiter pour diviser le temple, et cette année Ieyasu donna à Kyonyo un terrain à Kyoto, d'où naquit le Higashi Honganji. C'était aussi une façon d'affaiblir le Honganji auquel il s'était jadis voué.
Quand Ieyasu devint shogun et ouvrit le shogunat d'Edo, Masanobu, en proche conseiller, dirigea dans les faits son gouvernement. Ieyasu lui faisait tant confiance qu'il l'aurait appelé son ami, et ils s'entretenaient longuement en privé. Il servait par la ruse et la réflexion plutôt que par les armes.
Après qu'Ieyasu eut cédé le shogunat à Hidetada et se fut installé à Sunpu, Masanobu participa au gouvernement auprès de Hidetada à Edo, et devint cette année son toshiyori, plus tard appelé roju. Son fils Masazumi servait Ieyasu à Sunpu : père et fils reliaient ainsi les deux centres du pouvoir.
Quand Ieyasu mourut au printemps, Masanobu céda la tête de la famille à Masazumi, se retira des affaires et mourut environ deux mois plus tard, achevant une vie passée aux côtés d'Ieyasu. Il n'aurait pas recherché de grands fiefs et aurait averti son fils de ne pas trop en accepter.
Matsunaga HisahideImagawa YoshimotoOda NobunagaToyotomi HideyoshiTokugawa Ieyasu
Hōjō UjimasaAshikaga YoshihideImagawa UjizaneNabeshima NaoshigeChōsokabe MotochikaHasegawa TōhakuToyotomi HidenagaKuki Yoshitaka
Personnages de la période Sengoku/Azuchi-Momoyama ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.