生于明朝（中国）福建。
在故乡附近的黄檗山万福寺出家。
成为黄檗山万福寺住持，作为杰出的禅僧闻名。
应长崎华人寺院之邀，与弟子们一起来到日本。
在江户会见第四代将军德川家纲。
获幕府赐地，在京都宇治开创黄檗山万福寺，弘扬黄檗宗。
约在此时也传入了明朝的书法、建筑和普茶料理等文化。有一种说法认为隐元豆是隐元传来的。
获天皇赐国师号后，在万福寺去世。
德川家纲
春日局小堀远州林罗山宫本武藏松平信纲千姬德川家光中江藤树
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