Il naquit à Londres, d'un père employé de banque. Son grand-père homonyme écrivait sur la Bible, et sa famille comptait de nombreux ecclésiastiques, ingénieurs et artistes. Il perdit brusquement son père enfant, mais étudia grâce à une bourse et voulut devenir architecte.
Logé chez le cousin de son père, l'architecte Thomas Roger Smith, il étudia l'architecture à l'école d'art de South Kensington et à l'université de Londres. Smith avait travaillé sur des bâtiments publics en Inde britannique, et Conder apprit auprès de lui les bases du métier.
Il entra comme assistant chez William Burges, architecte connu pour le renouveau gothique. Burges s'intéressait aussi à l'art japonais, ce qui aurait éveillé l'intérêt de Conder pour le Japon. Il apprit ensuite aussi l'art du vitrail.
Il reçut le prix Soane, honneur pour les jeunes architectes, pour un projet de maison de campagne. Le ministère japonais des Travaux publics cherchait alors en Grande-Bretagne un professeur d'architecture pour son nouveau Collège impérial d'ingénierie, et Conder fut choisi pour un contrat de cinq ans.
Invité par le gouvernement de Meiji, il devint professeur d'architecture au Collège impérial d'ingénierie. Il forma de nombreux architectes japonais, à commencer par la première promotion de Tatsuno Kingo, Katayama Tokuma et Sone Tatsuzo. L'architecture japonaise moderne reposerait sur son enseignement.
Profondément attiré par la culture japonaise, il devint l'élève du peintre Kawanabe Kyosai et suivit chaque samedi des leçons de peinture japonaise. Kyosai lui donna plus tard le nom d'artiste Kyoei, et après sa mort Conder publia en anglais un recueil de ses œuvres.
Le Rokumeikan qu'il avait conçu fut achevé à Hibiya, à Tokyo. Salle de réception pour les hôtes étrangers, il devint le symbole de la politique d'occidentalisation visant la révision des traités. On y donnait des bals, et il évoque l'atmosphère de Meiji. Auparavant, il avait aussi conçu le musée d'Ueno.
Son contrat terminé et démissionnaire de son poste de chargé de cours à l'Université impériale, il ouvrit sa propre agence à Tokyo. Il avait auparavant emmené des étudiants en Allemagne pour un projet de regroupement des ministères. Dès lors, architecte indépendant, il conçut de nombreuses demeures pour des hommes d'affaires.
Nikolai-do, à Kanda (Tokyo), qu'il avait conçu, fut achevé. Cathédrale orthodoxe russe au haut dôme saisissant, il devint l'un des édifices les plus visibles du Tokyo d'alors. Cette année-là, il publia aussi ce qui passe pour le premier livre en anglais sur l'ikebana.
Il épousa Maeba Kume, danseuse de l'école Hanayagi. Outre la peinture japonaise, il pratiquait l'ikebana, la danse japonaise et le rakugo, aimant profondément la culture japonaise. Cette année-là, il publia aussi en anglais un livre présentant les jardins japonais, faisant connaître leur beauté à l'étranger.
Le Mitsubishi Ichigokan qu'il avait conçu fut achevé à Marunouchi, à Tokyo. Immeuble de bureaux en brique rouge, il marqua le début du quartier d'affaires de Marunouchi. Il laissa ensuite, de Meiji à Taisho, de nombreux édifices remarquables comme les demeures Iwasaki de Kayacho et de Takanawa ou le Mitsui Club.
Il mourut de maladie dans sa maison d'Azabu, à Tokyo. Son épouse Kume était morte onze jours plus tôt, et tous deux furent inhumés ensemble au Gokokuji. Une statue en bronze élevée par ses élèves se dresse à l'université de Tokyo, et il reste honoré comme le père de l'architecture moderne japonaise.
Ogino GinkoIsawa ShūjiTakamura KōunKodama GentarōKitasato ShibasaburōErnest FenollosaTakamine JōkichiShimoda Utako
Personnages de la période Meiji ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.