Il naquit à Aizu, province de Mutsu, fils du samouraï sans maître Yamaga Sadamochi, venu de Shirakawa et protégé par les Machino, grands vassaux d'Aizu. Soko vénérait son père et écrivit plus tard que rien ne le fit plus souffrir en exil que de ne pouvoir se rendre sur sa tombe.
Tout jeune, il s'installa à Edo avec sa famille. Edo était une ville nouvelle, siège récent du shogunat, où affluaient guerriers et savants. Pour le fils d'un samouraï sans maître, l'étude était la voie de l'avenir.
Encore enfant, il entra à l'école de Hayashi Razan, lettré confucéen au service du shogunat, et étudia le néo-confucianisme. Il aurait montré très tôt du talent et maîtrisé les classiques chinois. Ce savoir devint plus tard la base de sa critique du néo-confucianisme lui-même.
Dès le milieu de son adolescence, il étudia la science militaire auprès d'Obata Kagenori, de l'école Koshu, et de son disciple Hojo Ujinaga, et élargit ses études au shinto et à la poésie waka. L'union du confucianisme et de la science militaire devint le pilier de sa réflexion sur la vie des guerriers en temps de paix.
Il fut invité à servir Asano Naganao, seigneur d'Ako en Harima, mais ne séjourna à Ako qu'environ sept mois et passa l'essentiel de son temps à Edo. Selon une théorie, il conseilla le tracé du château d'Ako lors de sa construction, mais cela contredit son propre journal, et les avis divergent.
Mécontent de son traitement, il quitta Ako et devint lettré sans maître à Edo. Il se décrivit, après son départ, comme un dragon bondissant d'un étang vers la haute mer. Il enseigna dès lors la science militaire à de nombreux daimyo et guerriers d'Edo, et sa renommée grandit.
Doutant du néo-confucianisme depuis quelques années, Soko prôna un retour direct à l'enseignement de Confucius et écrivit le Seikyo Yoroku. Privilégiant un savoir pratique utile à la vie quotidienne plutôt que les débats abstraits, il devint un pionnier de ce qu'on appela l'école de l'Étude ancienne.
Le Seikyo Yoroku critiquant le néo-confucianisme favorisé par le shogunat, il fut convoqué par l'inspecteur général Hojo Ujinaga, son ancien maître, et condamné à l'exil à Ako. Il y vécut dans un coin de la résidence des Oishi, famille de conseillers du domaine, et, malgré le désespoir noté dans son journal, il continua d'écrire.
En exil, il écrivit le Chucho Jijitsu, contestant l'idée que la Chine était le centre du monde et affirmant que le Japon était le véritable royaume central. Il rédigea aussi à cette époque le Buke Jiki, histoire des maisons guerrières, élargissant le champ de ses études.
Après environ neuf ans d'exil, il fut gracié et revint à Edo. Selon son journal, le premier seigneur qu'il rencontra fut Kira Yoshinaka, et il exprima sa joie dans un poème chinois. Les ronin d'Ako vengèrent plus tard leur seigneur, mais le lien de Soko avec l'affaire aurait été accentué par la postérité.
Il nomma sa maison d'Edo Sekitokudo et y enseigna l'école Yamaga, soutenu par les Tsugaru de Hirosaki et les Matsura de Hirado. Cette année, il offrit le Chucho Jijitsu à Tsugaru Nobumasa, puis lui remit le diplôme de science militaire Yamaga. Ses fils entrèrent au service de ces deux maisons.
Tombé malade en été, il reçut la visite de Matsura Shigenobu de Hirado et de membres de la maison Tsugaru, mais mourut à Edo à l'automne, à 63 ans. Sa tombe est au Sosanji d'Ushigome. La science militaire Yamaga se transmit dans de nombreux domaines, et à la fin d'Edo, Yoshida Shoin de Choshu l'étudia.
Hayashi RazanYoshida ShōinŌishi Kuranosuke (Yoshio)
Kawamura ZuikenKumazawa BanzanAmakusa ShirōMitsui TakatoshiSakai TadakiyoItō JinsaiTokugawa MitsukuniKaibara Ekiken
Personnages de la période Edo ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.