生于常陆上平柳村（茨城县筑波未来市）的农家（出生年份众说纷纭）。
约在此时，来村子附近施工的幕府官吏村上岛之允发现了他的才能，他开始在其手下工作。
跟随村上渡海到虾夷地（北海道），开始从事测量和调查工作。
在虾夷地与伊能忠敬相遇，学习测量技术。
在择捉岛遭遇俄国船袭击，深感北方防卫的重要性。
奉幕府之命与松田传十郎一起调查桦太（库页岛）。
再次渡海到桦太向北推进，到达大陆黑龙江（阿穆尔河）下游，确认桦太是与大陆不相连的岛屿。这个海峡被称为"间宫海峡"。
把调查记录整理成《东鞑地方纪行》等，呈交幕府。
约在此时继续测量虾夷地，其成果也被运用到伊能忠敬的地图制作中。
西博尔德企图把日本地图带出国外的事件败露。据说林藏的报告是契机之一。此后据说他作为幕府密探在各地调查。
在江户去世。
高田屋嘉兵卫佐藤一斋平田笃胤调所广乡赖山阳广濑淡窗会泽正志斋二宫尊德
内容基于教科书和传记中可以确认的史实，不确定之处会注明。