作为细川胜元之子生于京都。父亲是应仁之乱中率领东军的管领。出生于战乱之中，自幼作为细川京兆家继承人抚养。母亲据传是山名宗全的养女。
父亲胜元去世后，他年幼便继承细川京兆家家督。应仁、文明之乱末期，领内支配很大程度上依赖家臣。很早便背负起管领家的重担。
文明年间，他在家中与幕府争斗中长大成人。应仁之乱后京都荒废，将军家也被细川、畠山等的争执摆布。政元试图以武力和权术保住管领家的地位。
出任室町幕府管领，在将军足利义尚和义材（义稙）治下参与幕政。细川氏作为三管领之首拥有势力，政元行使着横跨京都与西国的影响力。
足利义材成为将军后，政元作为管领辅佐他，同时逐渐积蓄超越将军的实力。参加六角征伐等，深度介入畿内军事。将军与管领的力量关系正在逆转。
发动废除将军足利义材、拥立义澄为新将军的明应政变。政元作为管领掌握幕府实权，表明将军也可被更换。也有看法将此政变视为战国时代的开端。
深信修验道，自己没有儿子，打算以养子继承家业。先后收养澄之、澄元、高国等多人，各自背后家臣团的对立后来成为大争乱的火种。
明应政变后，政元成为甚至被称为半将军的实力者。另一方面沉迷修验，政务常交给家臣，其专横与疏忽被视为导致遇刺的原因之一。
他加强对细川澄元作为继承人的扶植，与其他养子一方的紧张加剧。政元专制的政治与家中分裂也使京都武士和町众不安扩大。管领权威仍强，反对派难以轻易行动。
遭香西元长、药师寺长忠等袭击而丧生。即永正错乱的发端。养子之间的争斗激化，细川氏与幕府的混乱进一步加深。成为象征战国京都的事件。
朝仓孝景（敏景）细川胜元太田道灌足利义政足利义视日野富子畠山政长大内义兴
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