他出生于摄津国尼崎的下川氏武士家庭。祖父是加藤清正的家臣，父亲却失去尼崎藩士的身份，成为浪人。家境贫困，八个孩子中除长子外都不得不出家或过继他人而离开家。契冲是第三个孩子。
他年幼时便离开家，进入摄津国大今里村的妙法寺，跟随名叫快定的僧人开始学习。他虽因家庭原因出家，但在这里接触佛经和汉文，为他日后的学问打下了基础。寺院中的学习培养了他一生对语言和书籍的兴趣。
他登上高野山，师从东宝院快贤修习真言宗。据传他接受了灌顶仪式，获得阿阇梨的高位。经过严格修行，他打下了作为僧人的坚实基础。一般认为是在这一年前后，但确切时间有不同说法。
他成为大坂西高津曼陀罗院的住持。这一时期他与歌人兼古典学者下河边长流交往密切，在学问上受到许多启发。长流深入研究和歌与古典，这段友谊后来成为引导契冲研究《万叶集》的重要契机。时间有不同说法。
据传他厌恶住持的俗务，游历畿内，在大和长谷寺和室生寺进行了几乎舍弃生命的严酷修行。此后他寄居在和泉伏屋重贤等人处，大量阅读佛典、汉籍和日本古典，还钻研梵文字母。一般认为在这一时期，但时间有不同说法。
他从延命寺觉彦处再次接受了传授真言教法的灌顶。经过多年在各地修行和读书，他进一步深化了作为僧人的道路。深厚的佛学修养与广泛阅读古典的经验相结合，成为他日后开创独特古典研究的力量。
他成为幼年时学习过的妙法寺的住持。从这时起，他才真正全身心投入古典研究。他相继研究了《古今和歌集》《伊势物语》《源氏物语》《百人一首》等，写了许多注释书，学者之名日益提高。
水户藩主德川光圀曾委托下河边长流为《万叶集》作注释，但长流因病无法完成，于是由他的朋友契冲接手。据说由此写成的《万叶代匠记》初稿大约在这时完成。书名的意思是代替长流做匠人的工作。
他完成了《万叶代匠记》的修订版。他用从古代文献中寻找依据、逐一考证的方法解读《万叶集》，发现了用词中存在规律。同一年，他的母亲在妙法寺去世，他以此为契机在大坂东高津修建圆珠庵并迁居于此。
他在力求正确解读《万叶集》的过程中，发现当时普遍使用的假名写法存在矛盾，于是从《日本书纪》《古事记》《源氏物语》等古典中收集正确用例，出版了《和字正滥钞》。这种写法被称为契冲假名用法，对后来历史假名用法的形成产生了很大影响。
他在大坂圆珠庵去世。据说他直到最后一天仍在教导弟子。他从古代文献寻找依据的实证方法，为后来贺茂真渊、本居宣长等人发展国学开辟了道路。他的墓在圆珠庵，明治时代他被追赠位阶，功绩受到表彰。
伊藤仁斋德川光圀贝原益轩涩川春海德川家纲井原西鹤关孝和松尾芭蕉
内容基于教科书和传记中可以确认的史实，不确定之处会注明。