Il naquit à Amagasaki, en Settsu, dans la famille de samouraïs Shimokawa. Son grand-père avait été vassal de Katō Kiyomasa, mais son père perdit sa charge au domaine d'Amagasaki et devint samouraï sans maître. La famille était pauvre, et sur huit enfants, tous sauf l'aîné durent quitter la maison pour entrer en religion ou être adoptés. Keichū était le troisième.
Quittant sa famille tout jeune, il entra au Myōhō-ji, au village d'Ōimazato en Settsu, et commença à étudier auprès du moine Kaijō. S'il devint moine à cause de la situation familiale, son contact avec les sutras bouddhiques et le chinois classique fonda son érudition future. Ces années au temple firent naître un intérêt de toute une vie pour les mots et les livres.
Il monta au mont Kōya, étudia auprès de Kaiken du Tōhō-in et se forma au Shingon. Il aurait reçu le rite de consécration et obtenu le haut rang d'ajari. Cette discipline rigoureuse lui donna de solides bases de moine. On place cela vers cette année, mais les avis divergent sur la date exacte.
Il devint supérieur du Mandara-in, à Nishikōzu à Osaka. Vers cette époque, il se lia avec le poète et philologue Shimokōbe Chōryū, qui l'inspira beaucoup. Chōryū étudiait en profondeur la poésie et les classiques, et cette amitié l'amena plus tard à étudier le Man'yōshū. Les avis divergent sur la date.
Rebuté par les tâches temporelles de supérieur, il parcourut la région de la capitale et se serait livré, au Hase-dera et au Murō-ji en Yamato, à une ascèse si dure qu'il faillit y laisser la vie. Il séjourna ensuite chez Fuseya Shigekata et d'autres en Izumi, lisant de nombreux textes bouddhiques, classiques chinois et japonais, et étudiant l'écriture sanskrite. Les avis divergent sur la date.
Il reçut de nouveau, de Kakugen de l'Enmei-ji, une consécration transmettant l'enseignement Shingon. Après des années d'ascèse et de lectures en divers lieux, il approfondit sa voie de moine. L'union d'une profonde science bouddhique et d'une vaste lecture des classiques devint la force de ses futures études originales.
Il devint supérieur du Myōhō-ji, où il avait étudié enfant. C'est à partir de là qu'il se consacra pleinement à l'étude des classiques. Il étudia tour à tour le Kokin wakashū, les Contes d'Ise, le Dit du Genji et le Hyakunin isshu, écrivant de nombreux commentaires et se faisant un nom de savant.
Tokugawa Mitsukuni, seigneur de Mito, avait demandé à Shimokōbe Chōryū un commentaire du Man'yōshū, mais Chōryū, malade, ne put l'achever, et son ami Keichū prit la relève. La première version du Man'yō daishōki aurait été achevée vers cette époque. Le titre signifie faire l'œuvre de l'artisan à la place de Chōryū.
Il acheva la version révisée du Man'yō daishōki. Il y interprétait le Man'yōshū en vérifiant chaque point dans les documents anciens, et découvrit des règles régulières dans l'emploi des mots. La même année, après la mort de sa mère au Myōhō-ji, il construisit l'Enju-an à Higashikōzu, à Osaka, et s'y installa.
En cherchant à lire correctement le Man'yōshū, il remarqua les contradictions de l'orthographe des kana alors en usage et publia le Waji shōranshō, qui rassemblait des exemples corrects tirés du Nihon shoki, du Kojiki ou du Dit du Genji. Cette graphie, dite de Keichū, influença fortement la formation de l'orthographe historique des kana.
Il mourut à l'Enju-an, à Osaka. Il aurait enseigné à ses disciples jusqu'à son dernier jour. Sa méthode empirique, fondée sur les documents anciens, ouvrit la voie au développement du kokugaku par Kamo no Mabuchi, Motoori Norinaga et d'autres. Sa tombe se trouve à l'Enju-an, et à l'ère Meiji un rang posthume lui fut décerné pour honorer son œuvre.
Katō KiyomasaKamo no MabuchiMotoori NorinagaTokugawa Mitsukuni
Itō JinsaiTokugawa MitsukuniKaibara EkikenShibukawa HarumiTokugawa IetsunaIhara SaikakuSeki TakakazuMatsuo Bashō
Personnages de la période Edo ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.