生于葡萄牙里斯本。据说年轻时曾在国王的机构工作。
加入耶稣会，前往印度果阿。据说他在果阿遇到了前往日本之前的方济各·沙勿略和日本人弥次郎。
成为司铎后，抵达肥前（长崎县）横濑浦。他学习日语，开始在九州传教。
进入京都传教，但因战乱一度被逐出京都。
在修建二条城的工地上会见织田信长，获准在京都传教。此后他多次与信长会面，详细记录了信长的为人和言行。
奉耶稣会之命开始撰写记录在日本传教历史的《日本史》，这成为了解战国时代日本情况的重要资料。
整理了比较日本与欧洲习俗差异的书（《日欧文化比较》），书中记载了饮食、服装等日常生活中的差异。
丰臣秀吉颁布传教士驱逐令，传教士们在九州等地秘密继续活动，弗洛伊斯也记录下了这些情况。
陪同与天正遣欧使节归国相关的使节团之后，前往澳门。
回到长崎，记录了二十六名吉利支丹被处死的事件（二十六圣人殉教），此后不久在长崎去世。
龙造寺隆信上杉谦信大友宗麟吉川元春小早川隆景朝仓义景岛津义久大村纯忠
内容基于教科书和传记中可以确认的史实，不确定之处会注明。