他是肥前国战国大名有马晴纯的次子。有马氏是统治岛原半岛的强大家族，后来同样成为天主教大名的有马晴信是他的侄子。母亲是大村氏之女这一点，后来大大改变了纯忠的命运。
因母亲的关系，他被叔父大村纯前收为继承人。纯前有一个庶出的儿子，但那孩子被过继给武雄的后藤氏，改名后藤贵明。未能继承家业的贵明因此深恨纯忠，后来成为长期困扰纯忠的宿敌。
他继承养父成为大村家家主，以三城城为根据地。大村氏是肥前的小大名，周围有强大的龙造寺氏、松浦氏，家臣团中也有反对势力。守住这个弱小的家族，是年轻的纯忠面临的重大课题。
平户发生了葡萄牙人被杀伤的事件，葡萄牙船只正在寻找新港口，纯忠便献出了自己领地内的横濑浦。他知道传教士对商人有很大影响力，于是也为耶稣会提供住所等便利，港口因此十分繁荣。
他向传教士学习基督教教义后，与家臣一起接受托雷斯神父的洗礼，获得教名巴尔托洛梅乌，成为日本第一位天主教大名。一般认为他入教也有追求贸易利益的考虑，但据记载纯忠本人一生都是虔诚的信徒。
他在领内毁坏寺社，并劝领民信奉基督教，信仰佛教的家臣对此强烈反对。后藤贵明与这些家臣勾结发动叛乱，繁华的横濑浦被焚毁。纯忠的信仰极为激烈，他强硬的做法引发了许多对立。
作为新港口，他把家臣兼女婿长崎纯景治理的长崎提供给葡萄牙人和传教士。第二年葡萄牙船首次入港，原本只是冷清渔村的长崎，作为南蛮贸易港口迅速发展起来。这被认为是今天长崎城市的开端。
后藤贵明得到松浦氏等的援军，突然袭击纯忠所在的三城城。据传面对一千五百名敌军，城中纯忠的部下只有八十人左右，却坚持到援军到来，迫使敌军撤退。这场战斗作为“三城七骑笼城”流传下来。
在势力不断扩张的龙造寺隆信的压力下，纯忠甚至交出儿子作人质，几乎被迫处于服从龙造寺氏的地位。这一年，长崎港遭到龙造寺方等军队进攻，纯忠在葡萄牙人帮助下将其击退，守住了贸易港口。
纯忠担心港口被周边大名夺走，便把长崎和茂木之地作为教会领地捐给了耶稣会。一般认为这是为了保障港口安全和贸易利益而作出的决定。后来这一捐献加深了丰臣秀吉的戒心，长崎被定为秀吉的直辖地。
他会见了来日巡察的耶稣会巡察师范礼安，与大友宗麟、有马晴信一起决定派遣少年前往罗马的天正遣欧使节。他的侄子千千石米格尔被选为纯忠的代表使者。少年们经过漫长航行后将拜见罗马教皇。
在龙造寺隆信与有马晴信、岛津氏联军交战的冲田畷之战中，纯忠不得不作为龙造寺方出兵。但据传他避免与亲族有马军真正交战，部下放的是不装弹的空枪。隆信战死沙场，纯忠从龙造寺的重压下解脱出来。
丰臣秀吉平定九州时，他归顺秀吉保住了领地，但纯忠已身患重病卧床，由儿子喜前代为出征。据传自知将死的纯忠释放了俘虏，并让人把心爱的小鸟放归天空。在秀吉颁布传教士驱逐令的前一个月，他在坂口的宅邸去世。
路易斯·弗洛伊斯小早川隆景朝仓义景岛津义久织田信长细川幽斋（藤孝）岛津义弘丹羽长秀
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