肥前国の戦国大名・有馬晴純の次男として生まれた。有馬氏は島原半島を治める有力な一族で、のちに同じくキリシタン大名となる有馬晴信は甥にあたる。母が大村氏の娘であったことが、のちに純忠の運命を大きく変えることになった。
母の縁から、叔父にあたる大村純前の跡継ぎとして養子に迎えられた。純前には庶子の男子がいたが、その子は武雄の後藤氏へ養子に出され、後藤貴明と名乗った。跡を継げなかった貴明はこのことで純忠を深く恨み、のちに長く純忠を苦しめる宿敵となった。
養父の跡を継いで大村家の当主となり、三城城を本拠とした。大村氏は肥前の小さな大名で、まわりを有力な龍造寺氏や松浦氏、さらに家臣団の中の反対勢力に囲まれていた。弱い家を守り抜くことが、若い純忠に課された大きな課題であった。
平戸でポルトガル人が殺傷される事件が起こり、ポルトガル船が新しい港を探していたため、純忠は自分の領地の横瀬浦を差し出した。宣教師が商人に強い影響力を持つことを知っていた純忠は、イエズス会にも住まいを与えるなど便宜をはかり、港は大いににぎわった。
宣教師からキリスト教の教えを学んだのち、家臣とともにトーレス神父から洗礼を受け、バルトロメウという洗礼名を得て日本で最初のキリシタン大名となった。入信には貿易の利益を求める思いもあったとされるが、純忠自身は生涯熱心な信者であったと記録されている。
領内で寺社をこわし、領民にもキリスト教を勧めたことに、仏教を信じる家臣たちが強く反発した。後藤貴明がこうした家臣と結んで反乱を起こし、にぎわっていた横瀬浦は焼き払われた。純忠の信仰はきわめて激しく、その強引なやり方は多くの対立を生んだ。
新しい港として、家臣で娘婿の長崎純景が治める長崎をポルトガル人と宣教師に提供した。翌年にはポルトガル船が初めて入港し、さびしい漁村にすぎなかった長崎は、南蛮貿易の港として大きく発展していった。これが現在の長崎の町の始まりとされる。
後藤貴明が松浦氏らの援軍を得て、純忠のいる三城城を突然襲った。千五百の敵に対し、城にいた純忠の家来はわずか八十人ほどであったが、援軍が来るまで持ちこたえ、敵を退かせたと伝わる。この戦いは「三城七騎籠り」として語り継がれている。
勢力を広げてきた龍造寺隆信の圧力を受け、息子たちを人質に出すなど、純忠はほとんど龍造寺氏に従う立場に追い込まれていた。この年、長崎の港が龍造寺方などの軍に攻められると、純忠はポルトガル人の助けを得てこれを退け、貿易の港を守り抜いた。
周りの大名に港を奪われることを恐れた純忠は、長崎と茂木の地をイエズス会に教会の領地として寄進した。港の安全と貿易の利益を守るための決断であったとされる。のちにこの寄進は豊臣秀吉の警戒を強め、長崎は秀吉の直轄地とされることになる。
日本を訪れていたイエズス会の巡察師ヴァリニャーノと会い、大友宗麟・有馬晴信とともに、少年たちをローマへ送る天正遣欧使節の派遣を決めた。純忠の代わりの使者には、甥にあたる千々石ミゲルが選ばれた。少年たちは長い航海の末にローマ教皇に会うことになる。
龍造寺隆信と、有馬晴信・島津氏の連合軍が戦った沖田畷の戦いでは、純忠は龍造寺方として兵を出さざるをえなかった。しかし親族の有馬勢と本気で戦うことを避け、弾をこめない鉄砲を撃っていたと伝わる。隆信が戦場で命を落とし、純忠は龍造寺の重圧から解き放たれた。
豊臣秀吉の九州平定では秀吉に従って領地を保ったが、純忠はすでに重い病の床にあり、息子の喜前が代わりに出陣した。死を悟った純忠は捕虜を解き放ち、かわいがっていた小鳥を空に放たせたと伝わる。秀吉がバテレン追放令を出す前の月に、坂口の館で亡くなった。
ルイス・フロイス小早川隆景朝倉義景島津義久織田信長細川幽斎（藤孝）島津義弘丹羽長秀
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