他出生于京都，是公卿三条实万的第四子，幼名福麿。因是四子，起初预定过继给分家。他自幼以聪慧闻名，教育他的儒者富田织部向他灌输了尊崇天皇的强烈思想。这一教诲深深影响了他此后的人生道路。
身为继承人的兄长英年早逝。本应由兄长之子继承，但侄子年幼，加上富田织部极力推荐，福麿被定为三条家继承人。同年他举行元服礼，改名实美。据传他少年时玩打仗游戏，以日之丸为旗号，说这是国家的标志。
父亲实万为推行攘夷，竭力促成批评幕府的天皇敕令颁布。因此在安政大狱中遭幕府追究，父亲被命令隐居，富田织部等家臣也多人被捕。在这一困境中，实美正式继承了三条家。对幕府的强烈反感深深刻在他心中。
岛津久光来到京都、朝廷活动日趋活跃时，他被任命为处理国家大事的职务，接近了朝廷中枢。他起初主张朝廷与幕府合作，但对迟迟不推行攘夷的幕府日益不满，与长州藩及土佐武市半平太等尊王攘夷志士加深了交往。
他作为尊王攘夷派公卿的核心，权势之大据说连关白都不敢违抗。他迎接将军德川家茂进京，强烈逼迫其承诺攘夷。这一年，同属尊攘派公卿的好友姊小路公知在御所附近遇袭身亡，实美深受打击。
天皇亲自率领攘夷的计划正在推进，但在八月十八日政变中，萨摩藩和会津藩把守御所大门，将尊攘派公卿逐出朝廷。实美等七名公卿离开京都逃往长州，史称“七卿落”。据说在不习惯的徒步旅途中，实美的脚都磨出了血。
在长州，他与高杉晋作等人多次商议，后移居山口附近的汤田，住在井上闻多老家修建的别院中。但长州藩在禁门之变中战败，又遭到幕府征讨和外国舰队攻击，陷入困境。实美等人下定决心与长州同生死共存亡。
剩下的五名公卿渡海到九州，被移往太宰府，由福冈藩看管，萨摩藩等提供费用。次年，幕府想把五人移往大坂，但实美等人决心以死相拒，加上萨摩藩等强烈反对，幕府无从下手。
德川庆喜将政权奉还朝廷后，五人获赦并恢复原位。次日颁布了王政复古大号令，新政府诞生。得知消息的实美离开九州返回京都，在新政府中担任要职。漫长的流放岁月终于结束。
戊辰战争中，他前往关东，支持讨伐江户旧幕府势力的行动。在新政府中他出任右大臣，在改名为东京的江户主持东日本的政务。据说他曾说只要不失去东京就不会失去天下，强烈意识到东日本的重要性。
作为右大臣，他在聚集于东京的藩知事面前宣读了废藩置县的诏书。同年他成为太政大臣，位居政府顶点。岩仓使节团出访欧美后，他作为留守政府的首脑处理了各种难题。他的角色主要是协调者。
围绕是否派西乡隆盛出使朝鲜，政府内部爆发激烈对立。实美担心西乡会被杀而反对，却在强烈要求下左右为难。身心俱疲的实美病倒，诉说胸口疼痛，在这次明治六年政变中政府发生了严重分裂。
太政官制度废除、内阁制度开始后，伊藤博文成为首任总理大臣，实美转任在宫中辅佐天皇的内大臣。这一职位常被视为荣誉职，实际上是辅佐天皇的重要职责。实美自任萨摩与长州之间的调停者，平息了政府内的混乱。
在大日本帝国宪法颁布仪式上，他侍立天皇身旁，负责向天皇奉呈宪法文本。同年，条约修改谈判陷入僵局，黑田内阁辞职，他以内大臣身份短期兼任总理大臣。他在臣下中位列最高，被视为头号功臣。
他因感染流感去世。去世前一天，明治天皇亲自前往探望，并授予他最高位阶。葬礼以国葬形式举行，各地民众也自发举行悼念活动。据说葬礼当天晴朗温暖，天皇把这样的天气称为“三条日和”。
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