Il naquit à Kyoto, quatrième fils du noble de cour Sanjō Sanetsumu. Son nom d'enfance était Fukumaro. Quatrième fils, il devait d'abord être adopté par une branche cadette. Réputé tôt pour son intelligence, il reçut de son précepteur confucéen Tomita Oribe un profond respect pour l'empereur. Cet enseignement allait orienter sa vie.
Son frère aîné, l'héritier, mourut jeune. Le fils de ce frère aurait dû lui succéder, mais le neveu était encore petit, et sur la vive recommandation de Tomita Oribe, Fukumaro fut désigné héritier des Sanjō. La même année, il prit le nom de Sanetomi à sa majorité. On raconte qu'enfant, il prenait le soleil rouge pour bannière dans les jeux guerriers, disant que c'était l'emblème du pays.
Son père Sanetsumu avait œuvré pour qu'un ordre impérial critique le shogunat afin de faire avancer l'expulsion des étrangers. Lors de la purge d'Ansei, le shogunat le sanctionna : il fut contraint à la retraite et de nombreux serviteurs, dont Tomita Oribe, furent arrêtés. Dans cette épreuve, Sanetomi hérita officiellement de la maison. Une vive hostilité envers le shogunat se grava en lui.
Quand Shimazu Hisamitsu vint à Kyoto et que la cour s'anima, Sanetomi fut chargé des affaires de l'État et se rapprocha du centre de la cour. Favorable d'abord à l'entente entre cour et shogunat, il s'irrita d'un shogunat qui refusait l'expulsion et se lia aux militants sonnō jōi de Chōshū et à Takechi Hanpeita de Tosa.
Chef des nobles de cour sonnō jōi, il disposait d'un pouvoir tel que même le régent n'osait, dit-on, s'y opposer. Il reçut le shogun Tokugawa Iemochi à Kyoto et le pressa de promettre l'expulsion. Cette année-là, son ami Anegakōji Kintomo, noble du même camp, fut attaqué et tué près du palais, ce qui bouleversa Sanetomi.
On préparait une expédition où l'empereur mènerait lui-même l'expulsion, mais lors du coup d'État du 18e jour, Satsuma et Aizu verrouillèrent les portes du palais et écartèrent les nobles sonnō jōi. Sanetomi et six autres nobles s'enfuirent vers Chōshū : c'est la fuite des sept nobles. Peu habitués à la marche, ses pieds auraient saigné.
À Chōshū, il multiplia les entretiens avec Takasugi Shinsaku et d'autres, puis s'installa à Yuda, près de Yamaguchi, dans un pavillon construit chez la famille d'Inoue Monta. Mais Chōshū fut vaincu lors de l'incident de Kinmon et, frappé par l'expédition punitive du shogunat et les flottes étrangères, se trouva acculé. Sanetomi et ses compagnons résolurent de partager son sort.
Les nobles, désormais cinq, passèrent à Kyushu et furent transférés à Dazaifu, sous la garde du fief de Fukuoka, Satsuma et d'autres prenant les frais en charge. L'année suivante, le shogunat voulut les emmener à Osaka, mais Sanetomi et les autres jurèrent de ne pas bouger, fût-ce au prix de leur vie, et devant l'opposition de Satsuma, le shogunat dut renoncer.
Quand Tokugawa Yoshinobu rendit le pouvoir à la cour, les cinq furent graciés et rétablis dans leurs rangs. Le lendemain fut proclamée la restauration impériale et naquit un nouveau gouvernement. À cette nouvelle, Sanetomi quitta Kyushu pour Kyoto et reçut une lourde charge. Ses longues années d'exil prenaient enfin fin.
Pendant la guerre de Boshin, il se rendit au Kantō et soutint la lutte contre les forces de l'ancien shogunat à Edo. Dans le nouveau gouvernement, il devint Ministre de la Droite et dirigea l'est du Japon depuis Edo, rebaptisée Tokyo. Il aurait dit que tant que Tokyo n'était pas perdue, le pays ne le serait pas, conscient du poids de l'Est.
En tant que Ministre de la Droite, il lut devant les gouverneurs de fiefs réunis à Tokyo la proclamation de l'abolition des fiefs. La même année, il devint Grand ministre, au sommet du gouvernement. Quand la mission Iwakura partit pour l'Occident, il dirigea le gouvernement resté au Japon face à de nombreux problèmes. Son rôle fut surtout celui d'un médiateur.
Un violent conflit éclata au gouvernement sur l'envoi de Saigō Takamori comme émissaire en Corée, le Seikanron. Sanetomi s'y opposait, craignant qu'il ne soit tué, mais se trouva pris entre des exigences pressantes. Épuisé, il s'effondra en se plaignant de douleurs à la poitrine, et le gouvernement se divisa profondément.
Quand l'ancien conseil d'État fut aboli et le système de cabinet instauré, Itō Hirobumi devint le premier Premier ministre, et Sanetomi passa à la cour comme gardien du sceau privé, soutien de l'empereur. Souvent vu comme honorifique, ce poste était important pour conseiller l'empereur. Sanetomi servit de médiateur entre Satsuma et Chōshū et apaisa les troubles du gouvernement.
Lors de la cérémonie de promulgation de la Constitution Meiji, il se tint aux côtés de l'empereur et lui remit le texte. La même année, quand les négociations de révision des traités échouèrent et que le cabinet Kuroda démissionna, il assura brièvement la fonction de Premier ministre tout en restant gardien du sceau privé. Il occupait le premier rang parmi les sujets, honoré comme le plus méritant.
Il mourut de la grippe. La veille de sa mort, l'empereur Meiji vint lui-même le voir et lui conféra le rang le plus élevé. Ses funérailles furent nationales, et dans tout le pays on organisa spontanément des hommages. Le jour des obsèques fut clair et doux, et l'empereur aurait appelé un tel temps « le temps de Sanjō ».
Shimazu HisamitsuSaigō TakamoriTokugawa YoshinobuTakasugi ShinsakuItō HirobumiTakechi Hanpeita (Zuizan)
Godai TomoatsuInoue KaoruItagaki TaisukeTani TatekiŌkuma ShigenobuYamagata AritomoEdward S. MorseGoto Shojiro
Personnages de la période Meiji ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.