Né à Ichinoseki, dans le Mutsu (Iwate), fils d'Ōtsuki Genryō, médecin du domaine d'Ichinoseki. Élevé dans une famille de médecins, il aima l'étude dès l'enfance.
Il devint l'élève de Takebe Seian, célèbre médecin d'Ichinoseki, et commença la médecine. Seian, passionné de médecine hollandaise, correspondait avec Sugita Genpaku à Edo, et Gentaku fut fortement marqué par lui.
Il gagna Edo, entra à l'école de Sugita Genpaku et apprit aussi le néerlandais auprès de Maeno Ryōtaku. Le nom Gentaku réunirait un caractère de chacun de ses maîtres, Genpaku et Ryōtaku.
Il se rendit à Nagasaki et approfondit le néerlandais auprès des interprètes officiels. Ce savoir acquis à la source lui fut très utile pour ses recherches et son enseignement.
Nommé médecin du domaine de Sendai, il s'établit à Edo. Il y ouvrit le Shirandō, école d'études hollandaises, où il forma des jeunes venus de tout le pays. De brillants élèves comme Udagawa Genshin et Inamura Sanpaku en sortirent.
Il publia le Rangaku kaitei, initiation au néerlandais et aux études hollandaises. Écrit pour être compris des débutants, il incita beaucoup de gens à s'y mettre.
Le jour correspondant au 1er janvier du calendrier occidental, il réunit les spécialistes au Shirandō pour fêter l'an nouveau. Ce fut le Nouvel An hollandais, célébré ensuite presque chaque année.
À la demande de son maître Sugita Genpaku, il acheva le Kaitai Shinsho révisé, corrigeant les erreurs du Kaitai Shinsho (publié 28 ans plus tard). Un grand travail pour transmettre une anatomie plus exacte.
Il recueillit le récit de Tsudayū et d'autres naufragés de Sendai revenus de Russie et rédigea le Kankai ibun, illustré de cartes et de dessins. Leur tour du monde devint une source précieuse sur la Russie et l'étranger.
Au bureau de traduction des livres barbares, rattaché aux astronomes du shogunat, il traduisit des livres néerlandais. Il participa aussi au Kōsei shinpen, traduction de la version néerlandaise d'une encyclopédie française.
Le Kaitai Shinsho révisé parut enfin. Cette année-là, Siebold, médecin du comptoir hollandais, visita Edo, et de nombreux savants cherchèrent à profiter de ses connaissances nouvelles.
Il mourut à Edo. Le Shirandō avait été le centre de diffusion des études hollandaises dans tout le pays, et son savoir passa à son fils Ōtsuki Genkan et à son petit-fils Ōtsuki Fumihiko, auteur du dictionnaire japonais Genkai.
Maeno RyōtakuSugita GenpakuPhilipp Franz von SieboldHayashi ShiheiShiba Kokan
Uesugi YōzanDaikokuya KōdayūKitagawa UtamaroMogami TokunaiRyōkanMatsudaira SadanobuKatsushika HokusaiHanaoka Seishū
Personnages de la période Edo ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.