能登の七尾（石川県）に生まれ、染物屋の長谷川家の養子となった。若いころは信春と名のり、仏画などをえがいた。
このころ、家族とともに京都に移った。地方の絵師から、天下の絵師をめざす新しい出発だった。
千利休とのつながりもあって、大徳寺の三門の天井や柱の絵をえがき、名を高めた。
豊臣秀吉が幼くして亡くなった子の鶴松のために建てた祥雲寺の障壁画を、一門でえがいた。「楓図」などが今も智積院に残る。
才能ある息子の久蔵が若くして亡くなった。久蔵は「桜図」をえがいた絵師で、等伯は深く悲しんだ。
このころ、霧の中に浮かぶ松林を墨だけでえがいた「松林図屏風」を完成させたとされる（年は諸説あり）。日本の水墨画の最高傑作の一つとされ、国宝になっている。
絵師として高い位（法眼）をあたえられた。狩野派と並ぶ長谷川派の祖として認められた。
徳川家康にまねかれて江戸へ向かったが、旅の途中で病気になり、江戸に着いて間もなく亡くなった。
今川氏真鍋島直茂本多正信長宗我部元親豊臣秀長九鬼嘉隆徳川家康狩野永徳
教科書や伝記で確かめられる事実をもとにしています。不確かなことは「諸説あり」「と伝わる」としています。