Fils de l'empereur Go-Uda, nommé Takaharu, il aimait l'étude et s'intéressa au néo-confucianisme des Song.
Il monta sur le trône à 30 ans. Deux lignées impériales alternaient alors, sous l'arbitrage du shogunat, et Go-Daigo en vint à rejeter ce système comme le shogunat lui-même.
Il mit fin au gouvernement retiré de son père et gouverna lui-même, rétablissant le Bureau des archives et jugeant en personne.
Son projet de renverser le shogunat fut éventé et des courtisans comme Hino Suketomo furent punis (incident de Shōchū). L'empereur, épargné, ne renonça pas.
Un second complot fut découvert ; il quitta Kyoto et se retrancha au mont Kasagi. Kusunoki Masashige et d'autres se soulevèrent pour lui, mais Kasagi tomba et l'empereur fut capturé.
Le shogunat l'exila aux îles Oki (Shimane). Mais partout, Kusunoki Masashige, le prince Moriyoshi et d'autres continuaient la lutte.
Évadé d'Oki, il fut accueilli par Nawa Nagatoshi au mont Senjō, en Hōki (Tottori). Ashikaga Takauji prit le Rokuhara à Kyoto et Nitta Yoshisada prit Kamakura : le shogunat de Kamakura tomba et l'empereur rentra à Kyoto.
Il nomma l'ère Kenmu et instaura un gouvernement centré sur l'empereur. Mais la faveur faite aux nobles, des récompenses injustes pour les guerriers et des réformes hâtives semèrent le désordre ; un pamphlet satirique fut affiché à Nijō-gawara.
Des partisans des Hōjō prirent Kamakura (rébellion de Nakasendai). Ashikaga Takauji s'y rendit sans autorisation, écrasa la révolte, puis se retourna contre le nouveau régime.
Takauji vainquit Kusunoki Masashige à Minatogawa, entra à Kyoto et installa un autre empereur, Kōmyō. Go-Daigo s'échappa en secret vers Yoshino (Nara), se proclamant seul empereur légitime : début de l'époque des cours du Nord et du Sud.
Kitabatake Akiie et Nitta Yoshisada, sur qui il comptait, tombèrent tous deux au combat, plongeant la cour du Sud dans la détresse.
Malade à Yoshino, il céda le trône à son fils (Go-Murakami) et mourut. Selon le Taiheiki, il dit que si son corps reposait sous la mousse de Yoshino, son âme contemplerait toujours le ciel de Kyoto. Ashikaga Takauji fit bâtir le Tenryū-ji pour apaiser son esprit.
Nijō YoshimotoAshikaga YoshiakiraKusunoki MasashigeNitta YoshisadaAshikaga TakaujiMusō SosekiAkamatsu Enshin (Norimura)Kitabatake Chikafusa
Musō SosekiAkamatsu Enshin (Norimura)Kitabatake ChikafusaKusunoki MasashigeSasaki DōyoKō no MoronaoNitta YoshisadaAshikaga Takauji
Personnages de la période Muromachi ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.