Né chez les Nijō, l'une des maisons de régents, fils du kampaku Nijō Michihira. Sa mère était la fille du ministre de droite Imadegawa Kin'aki. Dès l'enfance, il étudia le waka, les lettres chinoises et l'étiquette de la cour, élevé avec soin en héritier d'une grande maison.
Il reçut la cérémonie de majorité et un rang de cour, et servit d'abord l'empereur Go-Daigo. Enfant, Yoshimoto vit de l'intérieur de la cour l'empereur renverser le shogunat de Kamakura et lancer la restauration de Kenmu, une époque de grands changements.
Quand Ashikaga Takauji intronisa l'empereur Kōmyō et que Go-Daigo partit pour Yoshino, la cour se divisa en deux (les cours du Nord et du Sud). Son père Michihira étant déjà mort, Yoshimoto choisit de rester à Kyoto au service de la cour du Nord et reçut tôt de lourdes charges.
À 26 ans, il devint kampaku de l'empereur Kōmyō. Il s'efforça de rétablir les cérémonies et fêtes de la cour souvent interrompues par la guerre, et laissa de nombreux récits et traités d'étiquette. Il devint dès lors un pilier de la cour du Nord.
Quand les troupes de la cour du Sud attaquèrent Kyoto, il s'enfuit avec l'empereur Go-Kōgon à Kojima, dans le Mino (Gifu). Il raconta ce voyage pénible et les jours passés au palais provisoire dans un récit de voyage en kana, le Kojima no Susami.
Avec l'aide de son maître de renga Gusai, il compila le Tsukubashū, anthologie de renga en 20 volumes. Elle réunissait quelque 2 190 beaux vers des temps anciens à son époque, dont beaucoup de guerriers comme Ashikaga Takauji et Sasaki Dōyo.
Grâce au soutien de Sasaki Dōyo et d'autres, le Tsukubashū reçut le statut d'anthologie quasi impériale, presque comme un recueil compilé sur ordre de l'empereur. Le renga fut ainsi reconnu non comme un divertissement à côté du waka, mais comme un art à part entière.
Il mit en ordre les règles détaillées de composition du renga et les fixa sous le nom de règles d'Ōan. Des règles jusque-là disparates furent unifiées, et ce code resta longtemps la base du renga. Il écrivit aussi des traités comme le Tsukuba Mondō.
Vers cette époque, il admira vivement le talent d'un jeune acteur de sarugaku, Fujiwaka (le futur Zeami). C'est Yoshimoto qui lui donna ce nom, et il laissa une lettre vantant sa grâce et son don pour le kemari et le renga. Les théories artistiques de Zeami portent l'influence de sa pensée sur le renga.
Quand le jeune shogun Ashikaga Yoshimitsu entra dans le monde de la cour, Yoshimoto lui enseigna l'étiquette et la culture des nobles et devint son protecteur. Grâce à lui, Yoshimitsu fut respecté aussi des courtisans et finit par dominer à la fois la cour et les guerriers.
Quand l'empereur Go-Komatsu monta enfant sur le trône, Yoshimoto devint bientôt son régent. Il fut encore régent et kampaku à plusieurs reprises, soutenant longtemps la cour du Nord. Il laissa aussi le Gumon Kenchū, traité de poésie tiré de dialogues avec son maître de waka Ton'a.
Dans ses dernières années, il écrivit le Kinrai Fūteishō, traité décrivant la poésie de son temps et ce que doit être le waka. Certains lui attribuent aussi le récit historique Masukagami, ce qui reste débattu.
Cette année-là, il fut nommé kampaku pour la troisième fois, mais mourut deux mois plus tard environ. Homme d'État mais aussi homme de culture qui porta le renga à sa perfection, il ouvrit la voie que suivraient plus tard des maîtres comme Sōgi.
Emperor Go-DaigoSasaki DōyoAshikaga YoshimitsuZeamiSōgiMansaiAshikaga Takauji
Kō no MoronaoNitta YoshisadaAshikaga TakaujiAshikaga TadayoshiImagawa Sadayo (Ryōshun)Hosokawa YoriyukiAshikaga YoshiakiraKan'ami
Personnages de la période Muromachi ・ Personnages par période
Fondé sur des faits attestés par les manuels et les biographies. Les points incertains sont signalés.