備中の足守藩（岡山市）の武士の家に生まれた。体が弱く、医者になることを志した。
大坂に出て、中天游に蘭学を学んだ。
江戸で坪井信道らに学び、のちに長崎でも学んで、西洋の医学を深めた。
大坂で医者を開業し、適塾を開いた。福沢諭吉、大村益次郎、橋本左内など、多くの人材が育った。
天然痘を防ぐ種痘を広めるため、大坂に除痘館を開いた。はじめは人々に怖がられたが、粘り強く広めた。
このころ、ドイツの医者フーフェラントの医学書を訳した『扶氏経験遺訓』を出し、医者の心得も伝えた。
コレラが大流行したとき、治療法をまとめた本をすぐに出して、医者たちに配った。
幕府に招かれて江戸に行き、将軍の医者となり、西洋医学所の責任者となった。
江戸で急に血をはいて亡くなった。
ハリス藤田東湖島津斉彬横井小楠堀田正睦佐久間象山井伊直弼鍋島直正（閑叟）
教科書や伝記で確かめられる事実をもとにしています。不確かなことは「諸説あり」「と伝わる」としています。