生于摄关家之一的二条家，父亲是关白二条道平，母亲是右大臣今出川公显之女。他自幼学习和歌、汉学和宫廷礼仪，作为名门继承人被精心培养。
行元服礼并获授朝廷官位，最初侍奉后醍醐天皇。少年良基在宫廷中亲眼目睹了天皇推翻镰仓幕府、开始建武新政这一巨大的时代变迁。
足利尊氏拥立光明天皇、后醍醐天皇移往吉野后，朝廷一分为二（南北朝）。父亲道平此时已去世，良基选择留在京都侍奉北朝，年纪轻轻便担当重任。
26岁出任光明天皇的关白。他致力于恢复因战乱而时常中断的朝廷仪式和活动，留下了许多详细的记录和礼仪著作。此后成为支撑北朝朝廷的核心人物。
南朝军队攻入京都，他随后光严天皇逃往美浓（岐阜县）的小岛。他用假名写下纪行文《小岛之游》，记录了这次艰苦的旅程和在临时御所度过的日子。
在连歌老师救济的协助下，编成连歌集《菟玖波集》20卷。该集收录了从古代到当时的名句约2190句，其中也选入了许多足利尊氏、佐佐木道誉等武家的句子。
在佐佐木道誉等人的支持下，《菟玖波集》获得了准敕撰（相当于奉天皇之命编纂的歌集）的地位。从此连歌不再是和歌的余兴，而被承认为一种独立的文艺。
他整理了吟咏连歌时的细致规则（式目），定为「应安新式」。此前各不相同的规则得到统一，这一式目长期作为连歌的基本规范沿用到后世。他还著有《筑波问答》等连歌论著。
约在此时，他高度赏识猿乐少年藤若（即后来的世阿弥）的才华。「藤若」之名正是良基所赐，良基还留下书信，称赞他姿态优美、擅长蹴鞠和连歌。世阿弥的艺术理论中可以看到良基连歌论的影响。
年轻的将军足利义满进入朝廷社会时，良基向他传授公家的礼仪和教养，成为他的后盾。在良基的帮助下，义满在公家社会中也受到尊重，最终成为同时掌控朝廷与武家的掌权者。
后小松天皇年幼即位后，良基不久便出任摄政。此后他又多次担任摄政和关白，长期支撑北朝朝廷。他还留下了与和歌老师顿阿问答而成的歌论《愚问贤注》。
晚年著歌论《近来风体抄》，评述当时歌人们的作品风貌和和歌应有的样子。此外，也有人认为历史物语《增镜》的作者是良基（说法不一）。
这一年他第三次被任命为关白，但仅约两个月后便去世了。他不仅是政治家，更是集连歌之大成的文化人，开辟了通向后来宗祇等人的连歌之路。
高师直新田义贞足利尊氏足利直义今川贞世（了俊）细川赖之足利义诠观阿弥
内容基于教科书和传记中可以确认的史实，不确定之处会注明。